קובעת את הכללים וההנחיות לכלל משרדי הממשלה ויחידות הסמך באמצעות התקשי"ר והודעות הנציבות, ומתווה את אסטרטגיית ניהול המשאב האנושי ברמה הלאומית.
אישור והסדרת תקינה רוחבית, בניית מבנים ארגוניים ממשלתיים, קביעת סיווגי משרות ומדיניות שכר.
הגדרת הסטנדרטים, השיטות והכללים המחייבים בתהליכי קליטה לשירות המדינה: מכרזים, תנאי סף, שוויון הזדמנויות.
פיקוח שוטף על משרדי הממשלה לוידוא עמידה בתקנים, בנהלים המקצועיים ובעקרונות המנהל התקין.
הפעלת אגף המשמעת לטיפול בעבירות חמורות, ניהול חקירות והגשת תובענות לבית הדין למשמעת. אגפי המשמעת המשרדיים פועלים בתיאום עם הנציבות.
ניהול המדרשה הלאומית למנהיגות, הכשרת סגלים בכירים כגון עתודות ניהוליות, והובלת תהליכי שיפור ולמידה ארגונית ברמת המערכת.
אחריות מלאה מרגע כניסת העובד ועד עזיבתו: קליטה, הצבות, ניהול נוכחות, קידום, רווחה, סיום העסקה ופרישה - הכול בכפוף לחוק ולתקשי"ר.
ניהול הלכה למעשה של הליכי המכרזים לאיוש משרות: פרסום, סינון קורות חיים, מיון מועמדים, הפעלת ועדות מכרזים משרדיות.
זיהוי צרכים מקצועיים מהשטח, בניית בקשות לשינוי מבנה ארגוני, בקשת תוספת תקנים, עדכון הגדרות תפקיד - והגשתם לאישור הנציבות.
זיהוי וטיפול בסוגיות משמעת ברמת המשרד: ניהול בירורים, חקירות פנימיות ושימועים. מקרים חמורים מועברים לאגף המשמעת בנציבות לטיפול בבית הדין למשמעת.
לנציב שירות המדינה סמכות להאציל סמכויות למשרדים, במטרה לאפשר גמישות ניהולית וקיצור תהליכים. לדוגמה: ניהול עצמאי של גיוס ומיון (פיילוט ב-5 משרדים), העברת עובדים ומינויים בפועל, וסיום העסקה של סגל שאינו בכיר ללא אישור פרטני.